药学部是桂林市第二人民医院药学管理和药学技术服务部门，负责全院药品供应、药品质量安全保障、促进临床合理用药。现有职工39人，副主任药师7人，主管药师15人，主管中药师6人，药师14人。其中本科学历32人，研究生学历6人，硕士4人，具有本科以上学历人员占比82.61%，是一支梯队结构趋于合理，业务能力较强的队伍。

药学部下设药剂科（包括门诊西药房、门诊中药房、中心药房、中、西药库、中药煎药室）、临床药学室、南院药房。所有药品实行电子处方信息化管理，门诊药房配备整合自动发药机，住院药房配备自动包药机实行药品单剂量调配。现有5名临床药师，在选定专业的临床科室参加临床查房、病例讨论，提出用药意见和个体化药物治疗建议，对重点患者实施药学监护、建立药历。参加院内疑难重症病例会诊和危重患者的救治，参与临床药物治疗方案的拟定和实施。